“The 3rd Division”结束后经过了5年，日本国土分裂为东西两国，东边由“CFC”统治，西边由“日兴连”统治。原首都东京变成无法治地带，其中因战争而荒废的都市丰岛被犯罪组织“VISKIO”
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋
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